Sau một trận càn dữ dội của giặc Pháp, cha mẹ đều chết, hai chị em Nguyệt và An phải rời bỏ quê hương, trốn chạy sự truy lùng và tàn sát gắt gao của giặc. Họ trôi dạt đến một ngôi chùa và được sư cụ trụ trì dang tay cứu vớt. Từ đây, số phận An và Nguyệt gắn bó với chùa Sọ và làng Sọ - quê hương thứ hai của mình.

Làng Sọ, một làng quê bé nhỏ vốn êm đềm và hiền hòa như bao làng quê Việt khác, trong vòng nửa thế kỷ đã trải qua hai cuộc chiến tranh tàn khốc và những biến động lớn lao. Số phận của ngôi chùa làng và những con người gắn bó với nó rồi sẽ ra sao?

Đội Gạo Lên Chùa được viết theo lối cổ điển, mang tính luận đề về ảnh hưởng và vai trò quan trọng của đạo Phật trong đời sống tâm linh người Việt. Tiểu thuyết khắc họa sâu sắc nét đẹp của văn hóa Phật giáo trong mạch nguồn văn hóa dân tộc và được xem như một sự gợi mở về lối sống Phật giáo trong xã hội hiện đại hôm nay.